اهداف انجمن نوآوران زیست پاک در راستای مأموریت و ارزش‌های بنیادین آن تدوین شده و شامل مجموعه‌ای از مقاصد کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت است که در چهارچوب قوانین کشور و با تکیه بر مشارکت مردمی، دانش تخصصی و نوآوری دنبال می‌شود.
♦ نخستین و بنیادی‌ترین هدف این انجمن، ارتقای سطح آگاهی و فرهنگ عمومی در زمینهٔ محیط‌زیست است؛ به این معنا که با برگزاری کارگاه‌ها، دوره‌های آموزشی، انتشار محتوای علمی و راه‌اندازی کمپین‌های اطلاع‌رسانی، زمینهٔ درک عمیق‌تر جامعه از ارزش منابع طبیعی، پیامدهای آلودگی و ضرورت حفاظت از تنوع زیستی فراهم شود.
♦ هدف دوم، کاهش آلودگی‌ها و مدیریت اصولی پسماند است؛ انجمن می‌کوشد با ترویج تفکیک از مبدأ، توسعهٔ فرهنگ بازیافت، حمایت از طرح‌های بازیافت خلاقانه و همکاری با نهادهای متولی، حجم زباله‌های دفنی و آلودگی‌های خاک، آب و هوا را به‌طور محسوس کاهش دهد.
♦ سومین هدف، حفاظت و احیای زیست‌بوم‌ها و گونه‌های در معرض خطر است؛ این هدف از طریق پاک‌سازی مناطق طبیعی، کاشت درختان بومی، احیای تالاب‌ها و مراتع آسیب‌دیده، ایجاد پناهگاه‌های حیات وحش و پایش مستمر وضعیت زیستگاه‌ها پیگیری می‌شود.
♦ چهارمین هدف، ترویج توسعهٔ پایدار و الگوهای زندگی سازگار با محیط‌زیست است؛ انجمن در این راستا از بهینه‌سازی مصرف انرژی و آب، استفاده از انرژی‌های تجدیدپذیر، کاهش ردپای بوم‌شناختی، ترویج حمل‌ونقل پاک و حمایت از کسب‌وکارهای سبز و مسئولانه پشتیبانی می‌کند.
♦ پنجمین هدف، حمایت از نوآوری، پژوهش و فناوری‌های دوستدار محیط‌زیست است؛ انجمن با ایجاد بستر همکاری میان نخبگان، دانشگاه‌ها، استارتاپ‌ها و صنایع، از ایده‌های خلاقانه در حوزهٔ انرژی پاک، مدیریت آب، بازیافت پیشرفته و کشاورزی پایدار حمایت می‌کند و زمینهٔ تجاری‌سازی و بومی‌سازی این فناوری‌ها را فراهم می‌آورد.
♦ ششمین هدف، جلب مشارکت مردمی و توانمندسازی جوامع محلی است؛ زیرا بدون همراهی شهروندان و ساکنان مناطق پیرامونی، هیچ طرح محیط‌زیستی پایدار نخواهد ماند؛ از این‌رو انجمن با تشکیل تیم‌های داوطلب، آموزش رهبران محلی و سپردن مسئولیت طرح‌ها به خود جامعه، حس مالکیت و تداوم اقدامات را تقویت می‌کند.
♦ هفتمین هدف، ایجاد و تقویت شبکه‌های همکاری و تعامل سازنده با نهادهای دولتی، سازمان‌های مردم‌نهاد، بخش خصوصی، مراکز علمی و رسانه‌ها است تا با هم‌افزایی توان و منابع، از موازی‌کاری پرهیز شود و سیاست‌گذاری‌های محیط‌زیستی بر پایهٔ شواهد علمی و تجربهٔ میدانی شکل گیرد.
♦ هشتمین هدف، ترویج عدالت محیط‌زیستی و توجه به گروه‌های آسیب‌پذیر است؛ انجمن می‌کوشد تا پیامدهای نامطلوب آلودگی و تخریب طبیعت که اغلب اقشار کم‌برخوردار را بیشتر تحت تأثیر قرار می‌دهد، در برنامه‌ریزی‌ها و مطالبه‌گری‌های خود مدنظر داشته باشد.
♦ نهمین و در نهایت، هدف بلندمدت انجمن نوآوران زیست پاک، تبدیل شدن به مرجعی قابل‌اعتماد، الگو و اثرگذار در حوزهٔ محیط‌زیست در سطح ملی و فراملی است؛ به‌گونه‌ای که بتواند با ارائهٔ مدل‌های موفق، تجربیات خود را به دیگر جوامع منتقل کند و سهمی ماندگار در ساختن آینده‌ای پاک، سالم و پایدار برای همهٔ موجودات زندهٔ این سرزمین ایفا نماید.